外科は 消化管外科 、 肝胆膵・移植外科 、 乳腺外科 、および 小児外科 の4つの外科系診療科から構成されています。通常の病院では外科が消化器外科と乳腺外科を担当することが多いのですが、京大病院では消化器外科が消化管外科と肝胆膵・移植外科に分かれており、さらに乳腺外科も消化器外科から独立した診療科として活動しています。また、通常の病院では行われていない小児外科の診療も行っています。
4つの診療科は独立した診療活動を行っていますが、常に教育の面では連携をとっており、特に若手外科医の育成においては外科全体で取り組んでいます。